Mindez nem éppen a legideálisabb felkészülést jelentette Trézéguet számára a 2006-os vébére, ráadásul a francia válogatott szövetségi kapitány, Raymond Domenech nem nagyon kedvelte őt. A Juve támadója (részben sérülése miatt) csak két világbajnoki selejtezőn szerepelt, és bár a Németországba utazó keretből nem maradt ki, a tornán többnyire csak csereként, vagy még úgy sem küldte pályára.
Trézéguet külön balszerencséje, hogy a fináléban, ahol csupán húszpercnyi lehetőséget kapott, a büntetőpárbaj során kihagyta a maga tizenegyesét, és a franciák így csak ezüstérmesek lettek. Több más játékossal ellentétben viszont a támadó nem hagyta ott a Juventust a másodosztály miatt, sőt, a Serie B-ben 15 találattal járult hozzá a visszakerüléshez - pedig ez ismét a válogatottságába került, mivel Domenech mester kijelentette: a másodosztályból senkit sem válogat be.
A Juve feljutása után megint előtérbe került Trézéguet távozásának lehetősége, hiszen nagy volt a huzavona a szerződéshosszabbítása körül, és a Spezia elleni bajnokin a csatár gólja után egyértelműen kézjelekkel adta a klub vezetőségének tudtára, hogy el akarja hagyni a klubot. Végül azonban mégis maradt Torinóban, 2011-ig meghosszabbítva kontraktusát, és a jelek szerint a Juventus rendkívül jól járt ezzel a döntéssel.
Trézéguet ugyanis a Serie A-ban egyelőre bombaformában játszik, már tizenkét gólnál jár, és vezérletével a klub ott van a bajnokság élmezőnyében. Nemrégiben megszerezte 100. élvonalbeli találatát a Juve színeiben, összesen pedig már 149 alkalommal volt eredményes a torinóiak mezében, amivel ő minden idők leggólerősebb légiósa a klub történetében - letaszítva a trónról honfitársát, Michel Platinit.