Még egy szezont lehúzott a Realban, és egy Világkupa-győzelemmel bővítette trófeagyűjteményét, ám 1999 nyarán visszatért Olaszországba, egészen pontosan Milánóba - azonban nem egykori klubja, az AC Milan igazolta le, hanem a városi rivális FC Internazionale.
A klub közel tízmillió dollárt fizetett érte, azonban a klubváltás nem jött be Panucci számára.Az Inter mestere, Marcello Lippi ugyanis jobb oldali középpályást akart faragni belőle, azonban ezen a poszton a világéletében jobbhátvédként szerepelt focista képtelen volt jó teljesítményt nyújtani.
Egy idő után ki is maradt a csapatból, aminek köszönhetően a válogatottba sem kapott meghívót, így újabb nagy eseményt kellett kihagynia: a 2000-es Európa-bajnokságról is lemaradt. Panucci eleinte türelmes volt, azonban ahogy egyre rosszabbra fordult a helyzet számára, úgy vált világossá, hogy váltania kell - a gond csak az volt, hogy szerződése 2005-ig szólt.
A védőt csábította az AS Roma, ahol Panucci kedvenc edzője, Capello ült a kispadon, de az Inter nem tudott megegyezni a fővárosiakkal, így aztán a bekk Londonba került, mivel egy évre kölcsönadták a Chelsea FC-nek.
A Chelsea-ben nem tudott alapember lenni
A londoniaknál akkoriban Gianluca Vialli volt a tréner, aki a szezon elején rendszeresen pályára is küldte a jobbhátvédet, azonban az edzőt hamarosan menesztették, és a helyére került Claudio Ranieri a holland Mario Melchiotot preferálta a védelem jobb oldalán.
Panuccinak nem volt szerencséje az edzőcserékkel: alig hagyta ugyanis el az Intert, Lippit kirúgták a milánóiaknál, vagyis ha egy kicsit türelmesebb lett volna, akkor lehet, hogy jobban jár.