Nem csoda, ha feleségének, a szintén színész Téa Leoninak (akit többek között a Deep Impact-ből vagy a Holly Woody történet-ből ismerhetünk) kezdettől fogva nem volt "szimpatikus" a karakter. A színész is csak hosszas gondolkodás után vállalta el a szerepet, de az ő aggályai nem erkölcsi természetűek voltak, hanem abból fakadtak, hogy az X-akták után jó időre elege lett a tévézésből - a sci-fi sorozat vége, vagyis 2002 óta nem is nagyon láthattuk őt kifejezetten a kis képernyőre készített produkcióban.
Az elmúlt öt évben azért feltűnt egy-két sorozatban, más tévés produkcióban, de szigorúan csak vendégszereplőként: a Szex és New York egy, illetve a Life With Bonnie két epizódjában láthattuk őt, emellett pedig a Discovery Channel egyik ismeretterjesztő filmjében (Eco-Challange Fiji Islands) vállalt narrátori szerepet. Visszatérő vagy éppen főszerepre azonban a Kaliforgiá-ig nem mondott igent semmilyen tévés produkciónak.
A hosszú, stresszes munkanapok, a feszített időbeosztás, a média állandó figyelme ugyanis annyira kikezdték Duchovny idegeit az X-akták idején, hogy a színész a háta közepére kívánt egy újabb sorozatforgatást. A Kaliforgiá-ra a remek forgatókönyv és a szexkomédiák iránti vonzalma ellenére is állítólag csak azért bólintott rá, mert a forgatási beosztás kevésbé volt kötött: három hónap alatt kellett a tizenkét epizódot leforgatni. "Pechjére" a sorozatnak már második évadja is zöld utat kapott, így muszáj lesz belevetnie magát újra a munkába.
A színész azért a számos rossz emlék ellenére is lelkendezve beszél az X-akták-ról: "Jobbak voltunk, mint a Beatles" - tréfálkozott a már említett Radio Times-interjúban - "hisz ők 1962 és 1970 között, vagyis csak nyolc évig játszottak. Nem tudták megcsinálni a kilencedik évet, ahogyan mi tettük". (A sci-fi sorozat eredetileg 1993 és 2002 között ment a tévében.) "Végül így is a legsikertelenebb FBI-os csapat lettünk, hiszen egyetlen ügyünket sem oldottuk meg" - tette hozzá nevetve Duchovny.
Mostanában egyébként újra belebújik Mulder ügynök szerepébe, hiszen készül a második film az X-akták-ból - a premierre előreláthatólag 2009-ben kerül sor. "Kilenc évig jók voltunk, olyan nagyot most sem tudunk majd hibázni" - mondta Duchovny, amikor arról kérdezték, nem fél-e a bukástól, amiért ennyi idő elteltével állnak elő újra a sztorival.
A színész egyébként az X-akták-mozi mellett is vállalt mostanában filmszerepet: legújabban a Things We Lost In Fire-ben láthatjuk, Halle Berry és Benicio del Toro oldalán - a produkciót a tervek szerint decemberben mutatják be Magyarországon. Duchovny ezenkívül főszerepet játszik a szintén 2007-es The Secret-ben, amely Vincent Perez (A holló 2: Az angyalok városa főszereplője) legújabb rendezése.
A Duchovnytól közölt idézetek a Radio Timesnak adott interjúból származnak.