Pedig a Bundesligában Hargreaves lassan az egyik legjobb védekező középpályássá nőtte ki magát. A 2003-2004-es pontvadászatban két gólt is szerzett, a Bayern azonban semmit sem nyert, ráadásul az egyik mérkőzés után Oliver Kahn nyilvánosan kritizálta az angolt, mondván, a gárda miatta kapott gólt.
A konfliktust aztán sikerült feloldani, és Felix Magath 2004-es érkezésével Hargreaves helye még biztosabb lett a csapatban. Az új tréner is igyekezett maximálisan kihasználni a játékos sokoldalúságát, és nemegyszer ő is jobbhátvédként, sőt időnként balhátvédként vetette be. Mivel szerződése 2006 nyaráig szólt, így egyre többet merült fel a távozása, főleg miután egyik nyilatkozatában Hargreaves kijelentette, hogy pályafutása során mindenképpen szeretne Angliában is futballozni. 2005 nyarán az Arsenal és a Manchester United is érdeklődött iránta, de októberben 2010-ig meghosszabbította szerződését.
Az előző szezon elején is alapember volt a münchenieknél, de a téli felkészülés során megsérült, így tavasszal alig lépett pályára - a vébére azonban felépült, és Eriksson ki is vitte a tornára. Ahol aztán Hargreavest végre "felfedezte" az angol közvélemény is, köszönhetően annak, hogy végre kezdő ember lehetett, ráadásul a saját posztján. A portugálok elleni negyeddöntőben a mezőny legjobbja volt, és az angolok közül egyedül ő értékesítette a tizenegyesét.
Nem rajta múlt az angololok vb-kudarca
Végre a brit drukkerek is elismerték, sőt az sem volt elképzelhetetlen, hogy Angliában köt ki, hiszen augusztus elején a Manchester United bejelentkezett érte, de a Bayern semmiképp sem akarta eladni, és nemet mondott a Vörös Ördögök ajánlatára. Ennek ellenére az ősszel a bajoroknál sem játszott túl sokszor, megsérült, és több hónapot ki kellett hagynia. Mostanában azonban már ismét a klub rendelkezésére áll, ráadásul a Münchennél ismét az őt korábban felfedező Ottmar Hitzfeld a szakvezető.