A címeres mezben ennek ellenére hosszú ideig sehogyan sem tudott ismét betalálni, de 2005 márciusában a Kína elleni barátságos találkozón megtört a jég, a csúcspontot pedig a tavalyelőtt októberi, Belgium elleni vb-selejtező jelentette. Brüsszelben a spanyol csapat Fernando Torres két góljával nyert 2-0-ra, és ezzel nagy lépést tett a németországi világbajnokság felé. Négy nappal később San Marino ellen az Atlético Madrid ifjú klasszisa mesterhármast vágott, majd betalált a szlovákok elleni pótselejtezőn is, amelyen a hispánok kiharcolták a vb-szereplést, és a tornán három gólt is szerzett.
A bajnokságban sem ment rosszul neki a játék, még ha a legeredményesebb spanyol gólvágó titulusát legutóbb David Villa elorozta előle, de Torres így is 13 találatig jutott a 2005-2006-os pontvadászatban. Legnagyobb bánatára azonban az Atlético megint csalódást keltett, a madridiak ismét csak lemaradtak az európai szereplést jelentő helyekről, mindössze tizedikként végeztek. Pedig Fernando Torres immár a csapatkapitányi karszalagot is megkapta az Atléticónál, az egyesületnél ezzel is jelezték, hogy a csatár több, mint a csapat egyik játékosa, vagy éppen legnagyobb csillaga: szinte a klub jelképének számít, köszönhetően annak, hogy világéletében az Atletínek szurkolt, és gyermekkora óta ott is játszik.
A legnagyobb kérdőjel Fernando Torres karrierjében éppen ez: otthagyja-e valaha is imádott egyesületét annak érdekében, hogy klubszinten is sikeres legyen. Az Atlético minden egyes idénynek úgy vág neki, hogy most végre visszatérhet a Primera División élmezőnyébe, de eddig a hetedik helynél előrébb egyszer sem végzett az elmúlt négy évben.
A tavalyi focivébén háromszor is "megfojtották" társai
Torrest pedig gőzerővel csábítják a sztárklubok: az angol Newcastle United ajánlatát még könnyebb szívvel el lehetett utasítani, hiszen a Szarkák körülbelül olyan szinten állnak Angliában, mint az Atlético Spanyolországban (rendkívül népszerű klub fanatikus szurkolótáborral, de az utóbbi években minimális sikerrel), ám az Arsenal FC, a Manchester United vagy éppen az AC Milan esetében már érdemes elgondolkodni. A madridiak persze nem akarják eladni legjobbjukat, a csatár kivásárlási záradékában pedig 90 millió euró szerepel, de ez nem fogja visszariasztani a kérőket. Az viszont maradásra bírhatja Torrest, hogy az Atléticónak ebben a szezonban minden esélye megvan arra, hogy végre kilépjen a nemzetközi porondra, hiszen a csapat 27 forduló után a hatodik pozícióban áll.