2007-ben remek eredményeket és sikereket ért el nemzetközi versenyeken, látszott, komolyan gondolja a versenyzést. November elején aztán robbant a bomba: a Magyar Antidopping Csoport bejelentette, Kovács doppingvágséget követett el, ugyanis nem szolgáltatott elegendő mintát egy ellenőrzésen.
"2007. október 30-án versenyen kívüli, előre be nem jelentett doppingellenőrzés során Kovács Ágnes úszó 25 ml mennyiségű mintát szolgáltatott, mely az előírt minimum mennyiséget - 75 ml - nem érte el, és doppingellenőrzés céljából nem volt elfogadható. Ezt követően a további mintaszolgáltatást a sportoló, hivatalos elfoglaltságára hivatkozva megtagadta, és a megtagadás tényét írásban elismerte" - állt a közleményben.
Az úszónő állította, félrevezették, Gyárfás Tamás, a Magyar Úszó Szövetség elnöke kiállt mellette, Kovácsot pedig először a MÚSZ fegyelmi bizottsága, majd a Nemzetközi Úszó Szövetség is felmentette.
Olimpiai bajnokunk így elindulhatott a debreceni rövid pályás Európa-bajnokságon, de erejéből mindössze egy 5. helyre futotta.