Silva mindenesetre innentől kezdve nem csak a Valenciában, hanem a nemzeti tizenegyben is alapembernek számított.
Klubjában első gólját az Espanyol ellen szerezte, amivel pontot mentett, és a 2006-2007-es pontvadászatban folytatta azon szokását, hogy bajnoki találatai rendre nagyon fontosak, hiszen az FC Barcelona és a Deportivo ellen is győztes gólt ért el. De a nemzetközi porondon is hasonló volt a tendencia: a BL selejtezőjében a Red Bull Salzburg elleni gólja csak ráadás volt a 3-0-s győzelemmel véget ért 90 perc során, de másik két gólja szintén fontos volt.
Az Internazionale elleni nyolcaddöntő első mérkőzésén, Milábóban egy kipattanó labdát kapásból vágott a hálóba a hajrában, és a Valencia ezzel egyenlített - a 2-2-es döntetlen pedig azt jelentette, hogy a spanyolok a visszavágón egy gól nélküli döntetlennel kiharcolhatták a továbbjutást. Ezután a negyeddöntőben a Chelsea-t is megtréfálta, a Stamford Bridge-en mintegy 30 méterről lőtt a felső sarokba, ám a Valencia hiába ért el megint döntetlent idegenben, a visszavágót otthon elveszíttette, és így kiesett a sorozatból.
A klubnál mindenesetre hamar rájöttek, hogy az eleinte az apró termete miatt sokak által lefitymált Silva milyen sokat ér, és ennek megfelelően 2007 nyarán szerződést hosszabbítottak a középpályással. A játékos 2013-ig írt alá, és akkor aligha gondolta, hogy a következő szezon milyen furcsán alakul majd a számára.
A Valencia ugyanis a 2007-2008-as pontvadászatban szenvedett a bajnokságban: előbb Quique Sánchezt, majd a helyére kinevezett Ronald Koemant is menesztették, miközben a gárda a kiesés ellen küzdött. Ugyanakkor a Spanyol Kupában eljutott egészen a döntőig, majd a finálét is megnyerte, és a csapat ezzel kvalifikálta magát a nemzetközi porondra.