A következő idény nem is sikerült ilyen jól a középhátvédnek, hiszen csapata "csak" harmadik lett a Serie A-ban, és a Bajnokok Ligájában sem sikerült bejutnia a legjobb nyolc közé, a második csoportkörben utolsó lett kvartettjében a gárda.
Ehhez persze az is hozzájárult, hogy az utolsó három találkozón Nesta eltiltás, illetve sérülés miatt nem lépett pályára. A klubnál mindenesetre maximálisan elégedettek voltak a teljesítményével, és meghosszabbították szerződését. Az új kontraktus 2006-ig kötötte a bekket a Lazióhoz, és Nesta a megemelt fizetése mellett a nevével, arcképével eladott ajándéktárgyak bevételéből is részesedést kapott. Persze nem meglepő, hogy a római egyesület igyekezett minél jobb szerződést kötni a védővel, elvégre a Real Madrid komolyan érdeklődött Nesta iránt, és 2001 őszén egyes spanyol lapok biztosra vették, hogy 2002 júniusában az olasz hátvéd a királyi gárdában köt ki.
Maga a focista persze cáfolta ezeket a híreszteléseket, de egyre nyilvánvalóbbá vált, hogy a katasztrofális anyagi helyzetbe sodrodó Lazio nem lesz képes megtartani. A 2001-2002-es pontvadászat második felében (amikor a klub eredményei is egyre romlottak) hétről hétre másik sztárcsapattal hozták kapcsolatba Nestát, a Real Madridtól kezdve a Manchester Uniteden keresztül az FC Internazionaléig, a Juventusig és az AC Milanig.
Az olasz lapok előbb biztosra vették, hogy Nesta új klubja a Juve lesz, majd az Inter vette át a vezetést a védő aláírásáért folytatott versenyben, miközben a focista a 2002-es világbajnokságra készült a squadra azzurrával.
Már Milan-mezben
A vébé azonban nem éppen úgy sikerült Nesta, illetve az olasz csapat számára, ahogy szerették volna: a védőt a második csoportmeccsen, Horvátország ellen sérülés miatt le kellett cserélni, és bár ezt követően Mexikó ellen még pályára lépett, a Koreai Köztársaság elleni nyolcaddöntőt ki kellett hagynia - a taljánok pedig hosszabbításban kiestek.
A torna után pedig folytatódott a találgatás Nesta további sorsát illetően, és a szappanoperába illő történet végül csak az átigazolási időszak utolsó napján dőlt el. A befutó az AC Milan lett: a rossonerók több, mint 30 millió eurót fizettek ki a Lazio csapatkapitányáért.