A squadra azzurrában 1996 októberében, még Sacchi alatt mutatkozott be, Moldova ellen, pedig klubszinten akkor nagyon rosszul ment Nestáéknak, a Lazio a kiesés ellen küzdött. Zemant elküldték, visszajött Zoff, s a rómaiak magukra találtak, a negyedik helyen zárták a bajnokságot.
A nemzet Dinója azonban ezt követően távozott, s a svéd Sven-Göran Eriksson kezébe került a marsallbot, aki arra biztatta Alessandrót, ne csak a védekezéssel törődjön, a támadásokat is segítse.
1997. szeptember 16. aztán különleges nap volt a játékos számára: akkor szerezte meg első hivatalos gólját a Lazióban, a portugál Vitória Guimaraes elleni UEFA-kupa-mérkőzésen. Méghozzá nem akármilyen gól volt ez, védő létére a középpályáról indulva három bekket cselezett ki, majd a kapust is elfektette, s finoman az üres kapuba gurított! Még ebben a szezonban a rómaiak elhódították - fennállásuk során másodízben - az Olasz Kupát is, az AC Milan elleni döntőben Nesta szerezte a mindent eldöntő harmadik gólt.
Az 1998-as világbajnokságon Ciro Ferrara sérülése miatt Nesta már a válogatottban is kezdő volt. Az osztrákok elleni összecsapáson azonban súlyosan megsérült, miután szinte spárgába ment le, hogy megszerezzen egy labdát - az ellenfél térfelének közepén. Jobb térdét azonnal meg kellett operálni, s a felépülés majdnem hat hónapot vett igénybe. Gyógyulását nagyban segítette, hogy noha jó ideig nem számíthattak rá, játékostársai őt választották meg csapatkapitánynak a Laziónál. 1998. december 3-án tehát már mint csapatfőnök tért vissza, s semmi változás nem látszott rajta attól eltekintve, hogy hosszabbra növesztette a haját. A szezon hátralévő részében remekül fogta össze a csapatot, s noha a rómaiak sokáig vezettek, a legvégén át kellett engedniük az első helyet az AC Milannak - viszont a KEK-ben diadalmaskodni tudott a gárda.
A klubvilágbajnoki trófeával Silvio Berlusconi társaságában
A következő idényben a klub hívei a sikeres BL-szereplésben reménykedtek, s abban, hogy ezúttal a scudettót is sikerül megszerezniük. Eleinte ment is minden, mint a karikacsapás, aztán éppen az AS Roma elleni városi derbin beütött a krach, az addig veretlen Lazio 4-1-re kikapott. A következő edzésen a szurkolók majdnem a fejét vették a pár nappal korábban még hősként ünnepelt futballistáknak. Nesta és Roberto Mancini kis híján össze is verekedett a tifosókkal... A bajnokságban ezután nem tudtak tartósan az élre kerülni, ezúttal azonban az utolsó fordulóban a Lazio számára alakultak szerencsésen az eredmények, s Nestáéké lett a scudetto, sőt az Olasz Kupa is, vagyis a Lazio duplázott. Egy hónappal később pedig kis híján a következő trófeát is sikerült begyűjteni, de az Eb-döntőben Franciaország végül felülkerekedett Olaszországon.