Kötődési kísérletek szemcséhez kötött vegyülettárakkal
A módszerek másik nagy csoportjánál az azonosítás ún. kötődési kísérleteken alapul, és azt használja ki, hogy a szilárd hordozó szemcséin a szintézis során egyetlen vegyület képződik. Ilyen kísérletről számoltak be 1991-ben az arizonai egyetem kutatói, akik azt akarták megállapítani, hogy van-e az általuk szintetizált peptidek között olyan, amelyik képes erősen kötődni egy általuk kiválasztott fehérjéhez. A szintézis után a hordozóról nem hasították le a mintegy 3 millió peptidet, hanem azokat a szemcsékhez kötött állapotban vizsgálták. A szemcséket egy tálkába vitték, és ráöntötték a kiválasztott fehérje oldatát. A fehérjét előzetesen kék festék hozzákapcsolásával megszínezték. Megfelelő ideig tartó rázogatás után a fehérjeoldatot eltávolították, és a szemcséket megmosták. Azt látták, amit a következő animáció mutat. A szemcsék túlnyomó része megtartotta eredeti, enyhén sárga színét, de volt közöttük néhány kék színű is. Ez azt mutatta, hogy a szemcsén levő peptid megkötötte a kék színű fehérjét.
A kék színű szemcséket egyenként kiemelték, majd meghatározták a rajtuk levő peptidek aminosav-sorrendjét. Ezzel meg tudták állapítani, hogy mely aminosav-sorrendű peptidek képesek az adott fehérjéhez erősen kapcsolódni.