A 2008-as esztendő remekül kezdődött a számára, hiszen újév napján eredményes volt a West Ham United ellen, majd a Burnley ellen az FA-kupában szintén betalált. Minden jel arra mutatott, hogy kezd formába lendülni, aminek a horvát drukkerek is örülhettek, hiszen a válogatott a 2008-as Európa-bajnokságra készült.
2008. február 23-án azonban véget értek Eduardo Eb-álmai: a Birmingham City elleni bajnokin ugyanis Martin Taylor belépője nyomán rendkívül súlyos sérülést szenvedett. Sípcsont-törése és nyílt bokaficama olyan csúnyán nézett ki, hogy a meccset élőben közvetítő televíziós társaság nem is volt hajlandó lassítani a történteket...
Csak erős idegzetűeknek: Eduardo lábtörése
Sokak szerint ez a brutális sérülés volt a fő oka annak, hogy az akkor még a bajnokságban élen álló Arsenal végül csak harmadik lett a pontvadászatban: Eduardo nem csak hogy hiányzott a csapatból, hanem az eset pszichésen is kizökkentette a társakat. De nem csak az Ágyúsok jártak nagyon rosszul, hanem a horvát válogatott is, amely Eduardo nélkül nem jutott be a legjobb négy közé az Eb-n.
Eduardóra hosszú rehabilitációs időszak várt, az előzetes jóslatok alapján közel egyéves kihagyást jósoltak neki. Ehhez képest már 2008 decemberében ismét pályára lépett, igaz, csak az Arsenal tartalékjai között. A nagycsapatból végül valóban közel egy évig hiányzott, hiszen az első tétmeccsét 2009. február 16-án játszotta, amikor is az FA-kupában a Cardiff City ellen a kezdő tizenegyben kapott helyet - és visszatérését két góllal ünnepelte.
A Burnley elleni szenzációs, oxival szerzett gól
Balszerencséjére azonban kisebb sérülést szenvedett a találkozón, így újabb három hetet ki kellett hagynia. Megint az FA-kupában tért vissza, ezúttal a Burnley ellen, és megint pazar gólt szerzett - egy beadást kapásból, sarokkal húzott a felső sarokba. Alighanem már csak napok kérdése, hogy a bajnokságban is megint pályára lépjen, ami a lehető legjobbkor jön az Arsenal számára.