Ekkor már alighanem ő is sejtette, hogy ez volt az utolsó tétmeccse a zágrábiak színeiben. Ugyan egy évvel korábban hosszabbított szerződést a Dinamónál, mégpedig egészen 2017-ig (!), de az csak arra volt jó, hogy még feljebb srófolja a vételárát.
A hírek szerint több nyugati élcsapat is érdeklődött iránta, de az Arsenal konkrét ajánlatot is tett a horvátoknak. A vételárat ugyan nem hozták nyilvánosságra, de a pletykák szerint az Ágyúsok közel 15 millió eurót adtak érte. A munkavállalási engedélyt ugyan elsőre nem kapta meg, azonban a londoni egyesület fellebbezését követően elhárultak az akadályok, így hivatalosan is az Arsenal futballistája lett.
Mindez azonban nem jelentette azt, hogy rögtön be is került a klub kezdő tizenegyébe, ahol ugyan Thierry Henry már nem állt előtte a sorban, de Wenger a Premier League-ben inkább Robin van Persie-t preferálta Emmanuel Adebayor partnereként.
Eduardo eleinte többnyire a Ligakupában játszott (ahol a Sheffield United és a Blackburn Rovers ellen is duplázott), de a BL-ben is előbb volt eredményes, mint a bajnokságban. A nemzetközi porondon a Sevilla ellen kétszer is betalált, míg a Premier League-ben egészen decemberig kellett várni az első góljára - más kérdés, hogy akkor rögtön kettőt vállalt az Everton ellen.